Attualmente sono parte integrante del territorio comunale l'area SIC "Murgia Alta” (contrada Parchi della Corte, isola comunale fra i territori di Gioia del Colle-Santeramo) e l'area SIC "Bosco di Mesola" (contrade Collone, Cortomartino, Primocielo, fra i comuni di Acquaviva delle Fonti, Santeramo in Colle e Cassano delle Murge).
Il SIC “Bosco di Mesola” ha un’estensione di 3028 ettari e si trova al confine tra i comuni di Acquaviva delle Fonti, Cassano delle Murge e Santeramo in Colle. L’area, carsica e archeologica, è caratterizzata dalla presenza di molte specie di rapaci, notturni e diurni, tra cui il celebre falco grillaio, di numerose varietà di orchidee anche rarissime e di alcune querce protette come la roverella e il fragno.
Simili sono la flora e la fauna del Sic "Murgia Alta", che ospita il "Parco della Corte" e il "Bosco della Vallata", dove fu ucciso nel gennaio del 1863 il brigante "Sergente Romano", per il quale è stato eretto un cippo commemorativo. Anche nel Sic "Bosco di Mesola" insiste, in territorio di Cassano delle Murge, a poco più di un chilometro da Acquaviva, il "Parco dei Briganti", richiamo alla frequentazione di quei luoghi da parte del brigante cassanese Vito Servodio - dove, in perfetta armonia con le norme del P.d.G. del SIC - sono stati realizzati percorsi per attività fisiche e terapeutiche (percorsi sospesi sugli alberi, gite in mountain bike, soft air, percorsi a cavallo, percorso hebert, percorso a piedi nudi, trekking, nordic walking, orienteering) immersi in un salutare contesto naturalistico.
